富集分析:(三)clusterProfiler概述 clusterProfiler概述：定义：clusterProfiler是一个R包，专为解释组学数据设计，提供了多种基因集的功能注释和富集分析工具，以及丰富的可视化功能。版本：截至2021年7月，clusterProfiler已发布4.0版本。主要功能：富集分析：包括过表达分析和基因集富集分析。ORA用于判断已知生物功能或过程在实验产生的基因列表中...
clusterProfiler包全称 clusterprofiler clusterProfiler包的全称是clusterProfiler。以下是对clusterProfiler包的一些关键功能和用法的介绍：1. ID转换功能 clusterProfiler提供了将Ensembl中的蛋白ID或entrezID转化为基因名的功能。这可以通过其内置的bitr方法实现，该方法依赖于org.Hs.eg.db等注释包进行ID转换。2. 富集分析功能 clusterProfiler支持GO富...
富集分析:(五)clusterProfiler:Visualization clusterProfiler的可视化功能主要用于展示富集分析结果，以下是关键步骤和方法：输入数据格式：clusterProfiler接受的可视化输入数据格式通常为enrichResult类型。可以通过str或class函数查看数据类型。可视化工具：enrichplot包：支持ORA和GSEA结果的可视化，可以创建多种图表，包括：条形图：使用barplot函数绘制。散点图...
R安装包---clusterProfiler 如何安装及问题 BiocManager::install(“clusterProfiler”)界面将再次显示安装过程。4、为了确认clusterProfiler是否已成功安装，输入以下命令：library（clusterProfiler）如果出现“不存在叫‘DBI’这个名字的程序包”的错误提示，则需要安装DBI包，命令如下：BiocManager::install(“DBI”)安装完成后，再次执行检验clusterProfiler是否...
ClusterProfiler包进行KEGG富集报错 使用ClusterProfiler包进行KEGG富集分析报错的可能原因及解决方案如下：R版本升级导致的不兼容：原因：升级R版本后，可能导致ClusterProfiler包或其依赖的某些函数与新版R不兼容。解决方案：降低R版本：如果可能，尝试将R版本降低到之前使用的版本，以确保兼容性。运行特定代码：针对utils::download.file报错问题，...
