报错内容 报错原因：gvcf同目录下缺少idx文件 解决方法：复制过来上步骤和gvcf一起生成时候的idx文件过来 在没激活环境wes的时候，运行gatk软件，乱报错，究其原因可能是软件调用出错，报错信息：什么不协调！！！解决方法：截图未保留，但软件调用成功！！报错内容 原因：本次错误原因：
GATK - Read groups GATK要求输入的bam文件包含Read groups，如果没有就会报错。例子：GATk 要求read group的格式 Read group是@RG开始。ID = Read group identifier 每一个Read group独有的ID； Illumina 测序数据中，read group IDs由flowcell ，lane name ...
GATK 4.1.9.0 CreateSomaticPanelOfNormals 报错及解决办法 Identify somatic short variants (SNVs and Indels) in one or more tumor samples from a single individual, with or without a matched normal sample.GATK开发团队认为，在生成PON文件时，正常对照样本越多越好（至少40个），但是其实一些小样本（4-10个）也是可以的，有总比没有好。
GATK4 SelectVariants ——vcf文件提取SNP和indel GATK4——gVCF转VCF - (jianshu.com)输入文件：报错：A USER ERROR has occurred: -selectType is not a recognized option 查了一下资料，不同版本的gatk提取SNP和indel的命令不同。各版本GATK的说明书，大家可以根据自己的GATK的版本查看命令：https://gatk.broadinstitute.org/hc/en-us/categori...
GATK HaplotypeCaller index 踩坑 A USER ERROR has occurred: Fasta dict file does not exist.踩坑，跑HaplotypeCaller的时候报错不存在dict文件，我看我也index了也dict了，文件也有了怎么说我没有呢。原来这个dict 文件要命名为 reference.dict，而不是reference.fasta.dict。和之前samtools的那一步不一样。
