报错内容 报错原因：gvcf同目录下缺少idx文件 解决方法：复制过来上步骤和gvcf一起生成时候的idx文件过来 在没激活环境wes的时候，运行gatk软件，乱报错，究其原因可能是软件调用出错，报错信息：什么不协调！！！解决方法：截图未保留，但软件调用成功！！报错内容 原因：本次错误原因：
GATK - Read groups GATK要求输入的bam文件包含Read groups，如果没有就会报错。例子：GATk 要求read group的格式 Read group是@RG开始。ID = Read group identifier 每一个Read group独有的ID； Illumina 测序数据中，read group IDs由flowcell ，lane name ...
GATK 4.1.9.0 CreateSomaticPanelOfNormals 报错及解决办法 Identify somatic short variants (SNVs and Indels) in one or more tumor samples from a single individual, with or without a matched normal sample.GATK开发团队认为，在生成PON文件时，正常对照样本越多越好（至少40个），但是其实一些小样本（4-10个）也是可以的，有总比没有好。
GATK4 SelectVariants ——vcf文件提取SNP和indel GATK4——gVCF转VCF - (jianshu.com)输入文件：报错：A USER ERROR has occurred: -selectType is not a recognized option 查了一下资料，不同版本的gatk提取SNP和indel的命令不同。各版本GATK的说明书，大家可以根据自己的GATK的版本查看命令：https://gatk.broadinstitute.org/hc/en-us/categori...
使用SnpEff对得到的标记进行注释 在使用gatk挖掘出相应的变异信息之后，需要对得到的变异信息SNP或Indel进行注释，然后再筛选。打算使用SnpEff来进行注释。下载安装SnpEff 去官网 SnpEff找到相应最新版本的下载链接，然后下载到服务器中 直接在官网下载最新版本的软件，然后使用unzip解压即可看见SnpEff文件夹里面...
